El programa de Reagrupament per al cas d'una Catalunya independent inclou la creació d'un Ministeri de Defensa, unes Forces Armades, una Guàrdia Nacional i fins i tot una CIA a la catalana, segons el document "Organitzant el nostre futur lliure" al que ha tingut accés e-notícies. El text defensa que Catalunya "es doti de les eines adients" com un Ministeri de Defensa per "afrontar els riscos globals en la mateixa situació d’igualtat que altres nacions". Reagrupament opta així per un model diferent, per exemple, al de Costa Rica, que va abolir l'Exèrcit el 1948 malgrat estar en una de les zones més convulses del planeta.

El document no estableix si són partidaris del servei militar obligatori, però afirma que "correspondrà al Govern de Catalunya definir l’estructura de les forces armades, composició i funcions". "En tot cas -continua-, Reagrupament considera imprescindible que aquestes han de ser complementades amb l’existència d’una organització civil, la Guàrdia Nacional, formada per voluntaris amb el doble objectiu d’apropar la ciutadania a un aspecte clau com la defensa del país i que aquesta sigui suficientment dinàmica i flexible per tal d’afrontar tant riscos i amenaces naturals com artificials. La Guàrdia Nacional estarà composada per un costat per reservistes provinents de l’estructures de defensa i per la resta de ciutadans".

Reagrupament també considera "imprescindible" que per garantir la sobirania nacional "s’ha de dotar l’Estat dels instruments necessaris que permetin analitzar estratègicament tota la informació del nostre entorn internacional. Per prendre qualsevol decisió sobre seguretat nacional, es fa necessari tenir unes fonts pròpies que no responguin a cap altre interès que no sigui el de Catalunya, i al mateix temps, que ens permeti participar amb les diferents agencies internacionals amb l’objectiu comú de prevenció de les amenaces globals".