El grup parlamentari de Junts pel Sí i la CUP han evidenciat les seves diferències pels Pressupostos del 2016. La formació anticapitalista ha fet perdre una dotzena de votacions al grup que dóna suport al Govern, que ha votat en contra o s’ha abstingut en aquests punts, en la la moció del PSC sobre els Projectes de Llei de Pressupostos i de mesures fiscals i financeres.
El Parlament ha instat l'Executiu de Carles Puigdemont a “revisar els diversos beneficis fiscals que aplica la Generalitat i eliminar aquells que són clarament regressius” i a “reservar una partida pressupostària per desplegar el Pla de Política Industrial de Catalunya 2020, com un dels eixos estratègics per a millorar l’ocupació i la competitivitat de Catalunya”.
També ha demanat l’aprovació “en el termini de 2 mesos” d’un pla contra el frau fiscal que tingui en compte “la incorporació de mecanismes que permetin reduir el frau fiscal i assimilar-nos als països de la Unió Europea”, “l’augment dels recursos tècnics i humans dins l’agència tributària catalana per millorar l’eficàcia de la lluita contra el frau i l’evasió fiscal, atès que els experts comptabilitzen en 16.000 milions d’euros els ingressos que deixem de percebre en aquest concepte” i “l’establiment de mecanismes per millorar la coordinació entre l’agència tributària catalana i l’agència tributària espanyola”.
L’oposició, juntament amb la CUP, han reclamat que s’apliqui “la limitació salarial dels alts càrrecs, aprovada en la Llei 2/2014, de 27 de gener, de mesures fiscals, administratives, financeres i del sector públic que a dia d'avui s'està incomplint”, “reduir els càrrecs de confiança del Govern a un número inferior al que hi havia quan va prendre possessió el nou Govern”.
El Parlament també ha aprovat el punt que fa referència a “rescindir els concerts amb els centres educatius que segreguen per sexe, establint un període de transitorietat fins l’inici del curs 2017-2018 per permetre a aquests centres adaptar-se al principi de coeducació, per mitjà de l'escolarització mixta”.
Sobre pagaments pendents, la cambra catalana a instat el Govern a “presentar en el termini d’un mes un informe sobre els pagaments pendents de la Generalitat amb proveïdors i un Pla de pagament per resoldre aquesta situació” un altre “sobre els deutes pendents amb els Ajuntaments catalans i un Pla de pagament per resoldre aquesta situació” i la “revisió dels criteris a partir dels quals s’atorguen subvencions a mitjans de comunicació digitals, en paper, televisió i ràdio. Revisió de les subvencions atorgades durant el present any, i limitar la renovació de les subvencions atorgades durant el present any”.